Thanks to Lodder's answer and some help from the french Joomla forum, this is what i’ve done :
- Make a backup of the Joomla 2.5
- Install the backup
- Upgrade to Joomla 3.x
Copy the requrired tables :
_comprofiler_xxx (All the table community builder)
_users
_usergroups (car celui qui avait créé le site avait créé des nouveaux groupes d'utilisateurs)
_user_usergroup_map
That's it !